research-reading 的设计思路
让 Agent 读一篇论文，看起来最常见的做法是等它输出一份摘要，再要求我们记住。但真实阅读不是这样发生的。读到方法时，我们可能突然需要补一个前置概念；看到实验结果时，又会回到图中的基线和误差线。研究者的疑问决定下一步读哪里，而不是一个固定模板决定每篇论文都按同样方式被压缩。
research-reading 因此把自己定位成陪读者，而不是替读者交作业的人。它的目标不是制造更多总结，而是帮助研究者形成可靠、可追溯、有适用边界的理解。
阅读节奏由研究者掌握
伴读默认没有时间预算，不要求填写 Paper Map、证据矩阵或流程表，也不强制写一句话命题、章节总结和闭卷复述。用户可以直接停在某个 Pass，也可以跳过顺序，直接要求解释一个公式、核查一项实验或者规划复现。局部问题先得到回答，再回到原来的阅读位置。
每个 Pass 完成后，系统只说明下一遍会增加什么，然后等待用户决定。它不会因为第一遍顺利就自动进入全文精读，也不会把轻量反问变成必须完成的测验。低负担并不等于随意，而是把精力留给真正需要理解的地方。
先认清手里到底有什么材料
题名、DOI、摘要、全文、单张图、补充材料和用户转述，并不是同一种阅读范围。只有摘要时，可以分析作者声称了什么，却不能假装已经读过方法和实验结果；图表分辨率不足时，也不能凭正文的一句话说清趋势；补充材料没有提供时，更不能猜测其中存在哪些验证。
系统需要明确当前材料边界，在不足处标记限制。需要判断具体图表时，应查看实际图像或论文页面，而不只依赖提取出来的文字。材料允许回答局部问题，就直接处理，不要求先完成一个完整 Pass。可追溯的准确性始终排在流程完整之前。
六类证据，拆开“写了什么”和“能说明什么”
论文阅读最容易混淆的是作者主张、事实证据和我们的解释。为了保留这些差异，伴读对重要判断使用六类标记：
- [论文主张]：作者明确声称的内容，但不自动等于事实。
- [直接证据]：论文中的实验、数据、图表、证明、观察或统计分析直接支持的内容。
- [外部证据]：来自论文之外并且已经核查的资料。
- [Agent 推断]：基于现有材料作出的解释、连接或推测。
- [研究者假设]：用户提出、但仍待检验的判断。
- [未验证]：当前材料或证据不足以确认的内容。
这些标记无需贴到每个普通句子上，只用于真正影响理解的判断。关键结论还应带上页码、章节、Figure、Table、Equation 或补充材料位置；如果无法定位，就如实说明，而不是编一个看起来专业的引用。数据集、样本量、指标、Baseline、统计方法和适用范围也要一起保留，因为它们决定结论能走多远。
三遍阅读各自解决不同问题
Pass 1 是快速巡览，路线固定为标题与摘要、Conclusion 或 Discussion、Method 与 Experiments 中的图表。它只建立“论文在讲什么、做了什么、结果大致朝哪个方向”的粗略印象，不细读 Introduction、公式推导和完整实验设置。完成后，系统说明 Pass 2 会从头顺读主文，但不会自动开始。
Pass 2 按论文原有顺序读到主文结束，理解每一节、每个模块和主要论证关系。公式证明与复杂实现细节默认略过，但承载核心方法和主要结果的图表必须读清。遇到前置知识缺口时，先查找并解释缺失概念，再回到原论文；遇到关键引用时，记录它为什么影响理解，最后提供核实过的链接，而不是扩展成大规模文献综述。
Pass 3 只在用户明确选择后启用。它从标题到主文结束逐句逐段推进，所有公式和证明都要逐步展开，重要图表重新结合正文精读。更特别的是，它会在作者方案展开前提出一次“如果是我来做”的思考提示：核心困难是什么，有哪些数据和先验，最简单的方案可能为何失败，又该怎样验证。这里不要求写长篇回答，用户可以只回复“继续”，随后再看作者的选择、其他实现路径和各自代价。
终点不是一篇摘要
一次有效阅读结束时，留下来的应该是问题、证据、局限和下一步验证入口。哪些判断属于作者主张，哪些已有数据直接支持，哪些只是暂时推断，哪些地方需要新的实验，这些状态不能在一次漂亮总结里被抹平。
只有用户明确希望整理或复用阅读所得，系统才进入知识沉淀。即使沉淀，也要继续区分观察、解释、假设、知识候选和已验证知识；一个观点不会因为被作者反复强调、被多篇论文引用或符合直觉，就自动变成验证过的知识。
这套设计没有要求所有阅读都走到最难的一遍，也没有把笔记数量当成理解程度。它更像一种清楚的陪伴方式：研究者决定方向和节奏，系统负责守住材料边界、证据等级与中断后的位置。如果也把这套来源意识带回绘图流程，可以继续阅读ncs-figure-design 的设计思路。